Η διαδρομή της Ελληνικής Αστρονομικής Ένωσης ξεκινά από τις αρχές της δεκαετίας του ΄90 με πρώτο συλλογικό γεγονός την δημιουργία του “Ομίλου Ελλήνων Ερασιτεχνών Αστρονόμων” το 1993. Με εμπνευστή, συντονιστή, ιδρυτή και πρόεδρο τον αστρονόμο Νίκο Ματσόπουλο, άρχισε να αναπτύσσεται ραγδαία μέσα από ποικίλες δραστηριότητες: διαλέξεις, εκδόσεις εντύπων, βραδιές παρατήρησης κλπ. Με την πάροδο του χρόνου όμως, η υπερβολική αύξηση του αριθμού των μελών σε εποχή που τα πάντα γίνονταν χειρόγραφα και η επικοινωνία τηλεφωνικά ή με έντυπη αλληλογραφία σύντομα δημιούργησε πρόβλημα γραμματειακής και διοικητικής υποστήριξης. Αυτό τον οδήγησε μοιραία σε αδράνεια περί τα τέλη της χιλιετίας. Παρά ταύτα, ο θερμός πυρήνας των μελών του ΟΕΕΑ συνέχιζε να συναντάται ατύπως σε τακτά χρονικά διαστήματα και να διατηρεί τη συνοχή και τους δεσμούς τους, ώσπου εκτιμήθηκε πως έφτασε ο καιρός να συσταθεί ένα νέο σχήμα. Το σχήμα αυτό ονομάστηκε Ελληνική Αστρονομική Ένωση και δομήθηκε ώστε να εστιάσει περισσότερο στην πρακτική / εφαρμοσμένη πτυχή της ερασιτεχνικής αστρονομίας.
Επισήμως, η Ελληνική Αστρονομική Ένωση ξεκίνησε το 2003 με πρώτο πρόεδρο τον Χάρη Καμπάνη και σε σύντομο χρονικό διάστημα εξελίχθηκε σε πρωτοπόρο και καινοτόμο παράγοντα της ελληνικής αστρονομικής κοινότητας. Έκτοτε, συνεχίζει την πορεία της ως σήμερα, υπηρετώντας με συνέπεια τον στόχο και το όραμά της.